mboc - week 3

energiesource is daar want zit al fosfaat op nucleotide. Bij verkeerde kan het ook makkelijk vervangen worden. 3 naar 5 zou reactie stoppen want de trifosfaat zou dan weg zijn

dragons eat knights riding horses d - aspartic acid e - glutamic acid k - lysine r - arginine h - histidine KHR - positive DE negative

vaak in membraan grandma always visits london in may for westministers palace and cathedral g - glycine a - alanine v - valine l - leucine i - isoleucine m - methionine f - fenylalanine w - tryptofaan p - proline c - cysteine

valine, methionine, tryptophan, leucine, phenylalanine, threonine

heeft als enige geen vrije aminogroep, maakt secondary structures move, zit aan randen

van n naar c terminal vouwen eiwitten soort bonds – hydrofobe interacties, ionische interacties, waterstofbruggen

zorgt dat eiwitten kunnen stretchen en weer relaxen. Enige covalente bond. Breekbaar met reducing environment (reductants, electrons opnemers). Redox

secundaire vouwing.

20.000 proteincoderende genen maar 75.000 SNPs, 200.000 splice variants, 10 million combinational variants

veranderen niet energieverbruik, maar versnellen wel. Voorbeeld; hydrogenbond rearrangements , soms cofactor nodig (vit a for rhodopsin, heme voor hemoglobine)

usable energy, waar we iets mee kunnen. G reaction = G product – G substrate

Snelheid = max snelheid x substrate/(substraat +km) E + S <->(k-1 en k1) ES <-> (k2) P Km = k2+k1)/K1, waarbij Km affinity constant is. Lezen als afbraak ES/ opbouw ES geeft affiniteitsconstante Lower Km -> quicker Vm (te zien aan ronde vorm grafiek begin heel snel) V = (vmax x S) / (Km +S)

Ki (binding affinity for inhibitor) is neg gecorreleerd met i (inhibiting factor van medicijn), lagere Ki geeft hogere I en dan hogere Km

negatief eiwit dan positieve ionen op column

grote eiwitten zijn sneller drijvend door column dan klein

iets met hoge affiniteit zoals Ab. Kan je ook inbrengen in vector (epitope tagged protein)

Waar actifity of interest is bepalen, allene focussen op dat deel van grafiek. Pool fractions and apply to next column

• Saturating proteins with SDS gives equal charge to all proteins, beta mercaptoethanol serves to break down disulfide bridges • Onderkant dus positief van gel, want eiwitten bovenin geladen en zijn negatief • Maar een band op SDS en actifity of interest in grafiek dan succes

• niet denatureren, noncharged proteins • te ordenen op charge en size • stipjes kunnen geanalyseerd met MS

• Trypsine knipt tussen arginine en lysine (R/K) • Mass to charge ratio

Mitochondrium worden ook eiwitten gemaakt die daar thuishoren

hydrofoob

hydrofiel

negatief geladen