mboc - week 1

een nieuwe en een oude strand, zoals DNA synthese, met oud als template

splicen en vormen

helicase verbruikt ATP. Supercoilen en topoisomerase maakt een knik in DNA om stress te verlagen. DNA beschermd door DNA binding protein.

5’naar 3’ gevormd, vormt door dubbelstrengs DNA als primer om te starten. 3’ OH einde is waar polymerase aan bindt. leading strand 3’ to 5’, dus directe transcriptie. Lagging strand kan loopt van 5’ naar 3’, polymerase vormt daarom ozaki fragmenten, gaps opgevold door RNA primer, daarna lygase plakt.

van 1 per 10^5 nucleotiden zonder proofreading naar 1 per 10^7 met proofreading. Met strand directed mismatch repair 1 per 1^10

door MutS/MutL, vindt met scannen nick in DNA strand, verwijdert gesynthetiseerde helft zodat deze opnieuw gemaakt kan worden

depurinatie en deaminatie

depurination door ROS hele basis verwijderd – hele AT (of GC) verwijderd, of weer ingebouwd

deamination haalt een NH2 er af, verandert cytosine naar uracil - C veranderd naar A, of hersteld

nu niet meer gebruikt, nog wel weten. gebruik chain terminators (hebben 3’H ipv 3’OH einde, geen verlenging strand mogelijk). Met veel dNTP en weinig ddATP. 4 keer herhalen voor elke nucleotide. CCAT primer bepaalt begin van reactie. Radioactief gelabeld en met elecrophoresis gescheiden geeft volgorde. lastiger voor grote fragmenten

radioactief, fluorescent 4 lanes, fluorescent 1 lane, capillary (1-96 wells)

door middel van artificial chromosomes, die in stukjes clonen en dan proberen te binden aan genoom omdat het uiteindelijk wel plakt.

in een picoliter op mocroscopic beads - verschillende soorten, ook next generation sequencing genoemd

DNA sequence is fixed op een grid. incorporation van dNTP die een PPi afstaat wat omgezet kan worden in ATP mbv suylfurylase. Dit is verbruikt door luciferase, straalt zo licht uit. geeft een pyrogram – hogere amplitude laat zien waar base zit die je wilt meten (een per keer). apyrase vernielt unincorporated dNTPs

nucleotide bindt waarbij PP vrijkomt en een H+, dit geeft een pH verandering die gemeten kan worden. Te veel nucleotiden dan verschil pH niet meer te meten is limitatie

soort usb, in laptop te pluggen

verhitten tot 95 denatureert, fragmentlengte bepaald door zelfgemaakte primers die hechten bij 50-55 graden, vervolgens DNA vermeerderd door toevoegen dATP, dGTP, dCTP, dTTP bij 72 graden. Pas na 3 cycles heb je goede lengte, de originele template zal ook altijd blijven bestaan. Sensitive en fast, maar fragment length is kort en homologous DNA sequences bestaan.

reverse transcriptase erbij en dNTP erbij, ds mRNA-DNA gemaakt, tweede primer maakt ds cDNA er van. Ook kennis vereist over homoloog DNA en aminovolgorde. Is ook sensitive en fast, maar 5’end race for ful length en gene families

variable number tandem repeat) is een reeks van 10 tot 100 opeenvolgende genetische herhalingen van een genetische sequentie zoals CAG

single-nucleotide polymorphism substitution of a single nucleotide at a specific position in the genome that is present in a sufficiently large fraction of considered population

2 %

*vergelijken onbekend *Identificatie *Chromosome structure / synteny *Intron / exon boundaries *Phylogeny

Begint aan 5’ metupstream regulatory region, promotor (CAAT en TATA (enige promotor element voor TATA binding protein)). Untranslated region na transcription start ligt nog oor de initiator codon (AUG), stopt bij terminator codon (UGA, UAA, UAG), daarna nog signaal voor 3’end trimming en polyA

meestal beginnend met GU en eindigend met AG, is een essentiele A in het middel